El centro Naturnova está formado por 3 salas distribuidas en otros tantos niveles: El Universo, Nuestro Planeta y El Ser Humano y su Medio.
Consta de 40 módulos interactivos que permiten al visitante encontrar respuestas para las dudas y cuestiones que los mismos suscitan. Cada uno de ellos tiene un cartel explicativo del contenido y, cuando es necesario, una cartelina con las instrucciones de manejo.
Los ordenadores se manejan mediante un ratón de bola que se usa para seleccionar la opción deseada y un pulsador que confirma nuestra elección. Las botoneras sirven para elegir directamente lo que queremos ver.